La memoria del nacimiento de Jesús se transmite hoy también con la tradición popular del belén. Se le atribuye a San Francisco la reproducción del primer belén de la historia. La tradición hagiográfica recuerda, aunque sin certeza historiográfica, que Francisco peregrinó a Tierra Santa y visitó Belén. De la
ciudad donde nació el Salvador se llevó un vivo recuerdo, que le llevó a reproducir la imagen de la natividad en la famosa noche de Navidad de Greccio (1Cel 84-86). .
En efecto, Francisco, deseoso de que los fieles tocasen con sus propias manos el acontecimiento del Hijo de Dios humillado y encarnado en forma humana, quiso hacer efectiva esta representación, narrada en todas las biografías del santo (por ejemplo, la de Tomás de Celano o la de Buenaventura de Bagnoregio). Se cuenta que Francisco preparó un pesebre con heno, mandó traer un buey y un asno y, delante de este conjunto escénico, pidió celebrar la Santa Misa ante una multitud de gente llegada de toda la región. Su amor por la solemnidad de Navidad y su devoción a la imagen de la Natividad encuentra su máxima expresión en el misterio de la encarnación, donde el santo reconocía la humildad y la pobreza del nacimiento del Mesías. Francisco entendía que este misterio se renovaba perpetuamente en el sacramento de la Eucaristía, donde Jesús desciende cada día a través de las manos del sacerdote.
La narración pinta un cuadro de gran sencillez y ternura cuando Francisco, en la noche del 24 de diciembre de 1223, preparó la celebración de la Eucaristía con la ayuda de su amigo Juan Velita, que colaboró en la disposición de todos los elementos que reprodujeran la escena del nacimiento del Niño en Belén. Como Francisco mismo dijo: «de alguna manera, ver con los ojos del cuerpo las dificultades en las que se encontró por falta de las cosas necesarias a un neonato» (1Cel).
Llega la noche santa. Francisco, junto con los frailes y algunos fieles, se dirige al lugar preparado con el pesebre, el heno, el asno y el buey. Y después de «unas dulces palabras» predicadas por Francisco, aparece la imagen del Niño sobre el heno. Este hecho milagroso impresionó las almas y los corazones de los asistentes, que se sintieron tocados profundamente por esta experiencia.
Con esta acción, el santo trataba de hacer fácilmente comprensible a los fieles el Misterio de la encarnación.
Esta devoción, típica de la espiritualidad franciscana, contribuyó claramente en el desarrollo de la costumbre de representar el belén, práctica que ha llegado hasta nuestros días.
Como preparación a la solemnidad navideña, en la tarde del día de Nochebuena (24 de diciembre), en la Gruta de la natividad los frailes franciscanos rememoran el episodio del Belén de Greccio, que tuvo como protagonista al padre Francisco de Asís en la contemplación del Misterio de la Encarnación.